El estatuto de OEA tiene su origen en los pénibles acontecimientos de septiembre de 2001, que obligaron a redefinir las medidas de seguridad adecuadas y necesarias para la cadena logística de comercio exterior. El incremento progresivo de facilidades que, en la última década del siglo XX, promovieron las administraciones aduaneras de manera generalizada, había de experimentar una pausa y una reconsideración para estudiar los procedimientos que avalaran las nuevas medidas de seguridad que, sin perjudicar en exceso el apartado de facilitación, permitieran el control adecuado de la cadena logística internacional por parte de las autoridades nacionales competentes en la materia.

Varios países, encabezados por Estados Unidos, implantaron procedimientos sobre el tema en un breve período de tiempo: el programa estadounidense C-TPAT, el canadiense PIP, el sueco StairSec, el australiano FL o el neozelandés SEP. A partir de estos programas, en 2005 la Organización Mundial de Aduanas elaboró el marco normativo de la OMA, las llamadas normas SAFE, que han sido ratificadas por más de 150 países, incluyendo la Unión Europea y todos los países que la forman. En el ámbito comunitario, la OEA nace con la publicación del Reglamento 648/2006, de modificación del Código Aduanero, y en el que se establecen las tres grandes directrices en materia de seguridad que hay que desarrollar: gestión y análisis de riesgos, creación del estatus de OEA y obligación de notificación previa llegada y salida de las mercancías.